オリゴ糖は、小腸で分解･吸収されずに大腸に届き、ビフィズス菌などの善玉菌のエサになり、腸内環境を整えるのに役立ちます。 善玉菌が増えると、腸の蠕動運動（ぜんどううんどう）が活性化したり便やおならの悪臭の原因となるウェルシュ菌などの悪玉菌を減少させることで、その解消に役立ちます。 また、善玉菌であるビフィズス菌が増えると、ビフィズス菌が持つ免疫力をアップしたり肝臓の機能を保持することにもつながります。腸内細菌は、人間の腸の中に 100 〜 120 種類、約１ｋｇほどが常在するといわれていますが、加齢と共に減少するので、 40 歳を過ぎるころからは積極的に摂取することがたいせつです。オリゴ糖は、食物繊維やヨーグルトに多く含まれます。